1、股权分置改革顺利通过
    2006年6月5日，公司股权分置改革工作正式进入程序。公司通过论证采取用资本公积金定向转增股本，流通股东每10股获得6.8股的转增股份的股改方案。6月30日公司召开了股权分置改革相关股东会议现场会议，方案获得97%的赞，顺利通过。南京医药要在科学发展战略的前提下，认认真真，做精做强主业，整合内部资源、培育增量、盘活存量，回报社会及广大股东。
        2、全流域实施新会计准则与财务系统升级，奠定集团化管理基础模式
    2006年2月15日国家财政部颁布了一项基本准则和38项具体准则，并要求上市公司从2007年1月1日起实施，本次新准则实施是与国际会计准则的趋同，将对上市公司经营决策、绩效反映、企业管理、会计政策等方面带来重要影响。为使全流域企业能正确理解执行新会计准则，财务部在全流域范围内大面积组织培训，并于5月、11月分别聘请独立董事吴功健先生与天衡会计师事务所签字会计师到场有针对性的就新旧准则的影响组织专场培训与讨论，母公司成立了会计政策小组在精读政策、调研讨论的基础上结合企业实际选择了可行的会计政策，其中重要政策在公司董事会上予以通过，并于年末在徐州进行的高管论坛上向全域企业董事长、总经理与财务负责人分析了重大变化与影响。并结合全域企业财务信息系统的升级和新旧会计科目转换接轨，全面统一了企业的科目与报表形式，为新准则的实施和与全域企业实施统一核算、进行集团化管理与项目独立核算提供了基础。
        3、全流域财务信息系统升级统一，奠定全流域财务业务一体化管理基础
    财务软件是财务核算与管理的重要手段，经过公司近几年来的迅速扩张已成为集团化公司。原有财务软件已不能满足集团化管理需要，财务部经过1年的多方选型，决定将用友升级至NC集团化版本。财务软件的升级奠定了集团化管理基础。升级后母公司作为集团制定了统一的会计科目、会计政策，为全流域企业搭建了一个统一的管理平台，所有的分、子公司都在这个平台之上工作。同时全流域财务软件的统一，各公司利用强大的NC财务软件，可以实现快捷、即时、穿透式的查询，能够解决财务上简单计账之外的工作，做到对财务事件的事前、事中、事后的随时控制。通过这种方式，领导可以及时查询、监控集团财务情况，为控制财务创造了有利的条件。项目组克服了工作量大、业务情况复杂、人员水平参差不齐等种种困难，通过项目组双方精诚合作，不辞辛苦的努力，项目于12月成功升级。
        4、安全生产工作喜获荣誉称号
    2006年，在公司董事会、经营层及安全生产管理委员会的领导下，切实加强安全生产，有效遏制重特大事故，圆满地完成了全年安全生产目标任务，未发生重大的人身伤亡、火灾、设备损坏、车辆交通事故及刑事案件，实现了企业的平安稳定、和谐发展。南京医药产业集团授予公司2006年安全生产先进单位称号。
        5、南京医药召开集中采购暨贴牌加工座谈会
    2006年9月15日，南京医药股份有限公司召开集中采购暨贴牌加工座谈会。会上通报了南京医药第一批、第二批自有品牌产品试销品种及各节点企业的配合执行情况，公司董事长周耀平对流域内各企业及以后的工作提出了具体要求。　　
        6、药房托管项目取得初步成效；苏北模式乡村联动药房托管在天辉喜结硕果；以药房托管为中心三个集中项目启动。
    南京医药参与的南京市二级以下医疗机构药房托管工作，获得了90%以上的托管医院份额，实现“托”的目标最大化，得到政府、医疗机构和资本市场的认可。药房托管项目取得了一定的成效。为破解“看病难、看病贵”难题、防范医药流通环节中的不正之风、控制医药管理成本、减轻老百姓负担提供了一条有效的途径。为创新业态的开展奠定了基础。
    2006年4月28日上午，随着天辉公司与楚州区南马厂卫生院药房托管协议正式签定，这标志着以乡村联动力形式为主体的药房托管，在苏北流域正式启动营运。在抢占农村终端市场争夺战中，开了一个好头，为下一步全面抢占农村市场奠定了基础。
    2006年9月4日下午，公司在医药大厦二楼会议室召开了药房托管领导小组及指挥部扩大会议。会议就全面实施以药房托管为中心的三个集中创新业务——集中采购、集中结算、集中配送进行了部署。
        7、南京医药药品分公司省内首家获得疫苗经营资质
    2005年8月药品分公司正式启动疫苗经营资格申报工作，并被市药品监督管理局确定为南京地区唯一药品经营企业上报省局。经过积极充分的筹备迎检，2006年4月12日，药品分公司顺利通过省食品药品监管局的现场验收，于2006年4月17日成功变更了《药品经营许可证》的经营范围，成为江苏省首家获疫苗经营资质的药品批发企业。
        8、市场化运作招聘高级管理者
    2006年7月28日，四届董事会2006年临时会议决定，正式聘用丁峰峻先生为公司执行副总裁。这是公司首次面向市场招聘高层管理人员。
        9、开展雨花项目，实现战略目标
    南京医药产业集中区项目（“雨花项目”）是公司的重点项目之一，该项目是公司实现“一体两翼”战略目标的重要载体，也是国家信息化项目的组成部分，对公司今后战略转型和持续、快速发展有着重大的意义。为能更好的开展项目，年内共完成《建筑设计专项工作小组管理制度（试行）》、《南京医药新药研发基地项目招标初步方案》、《“雨花项目”基建工程管理组织结构及工作流程方案策划》的制定。根据公司董事会决定雨花项目一期工程将于2007年7月30日正式开工建设。
        10、南京医药喜获江苏企业文化优秀奖
    2006年12月5日，在江苏省企业联合会、江苏省企业家协会主持的企业文化总结表彰大会上，南京医药等15家企业被授予“二00六年度江苏企业文化优秀奖”。这次会议以总结、推广企业文化建设的新成果和新经验，探索新形势下企业文化建设的新思路、新方法为目的，通过对优秀企业文化的评价、表彰和推广，推动全省企业文化建设，全面提升企业的竞争力和素质。
        11、《南京医药》报创刊二十周年
    2006年12月25日下午，公司在医药大厦二楼云锦厅召开了以“历练二十春秋风雨，见证企业改革发展”为主题的《南京医药》报创刊二十周年纪念座谈会。与会者满怀深情地回顾了企业报二十年的成长历史，感慨二十年间的巨大变化，展望企业报与企业“一体两翼”的新发展。
        12、流域企业共同开展“心手足”企业文化实践活动
    南京医药与流域企业共同开展了“客户在我心中，小事在我手中、成功在我脚下”活动，使每位员工在各自岗位中得到成长，提高了业务水平和服务质量，做到让客户满意。
        13、合肥天星全面启动南京医药安徽区域资源整合项目
    为贯彻南京医药提出的“一体两翼”的发展战略，推进安徽区域“同质化资源整合”及创新业务的开展，体现母子公司的战略协同、执行能力，合肥天星以“总体规划、统一领导、分步实施”为指导思想，本着“先易后难、先合事后合人、先管理后经营、先单项后综合”的基本原则，围绕核心要素和资源，项目已取得阶段性成果。各联合机构积极努力，共同推进安徽区域资源的全面整合。
        14、合肥天星位列安徽五十强，荣获2006年度安徽省质量奖
　　天星公司为适应经济全球化的发展趋势，提升企业的整体管理水平和国际竞争力，积极实践卓越绩效管理模式，构建有效运行的质量管理体系，在2006年“安徽企业50强”评选中排序第44位;又于11月份荣获安徽省质量管理奖，为企业树立了良好的品牌形象。
        15、组建零售整合平台“江苏百事佳药业连锁有限公司”
    2006年6月，投资500万元组建“江苏百事佳药业连锁有限公司”。通过和世界医药零售巨头以色列舒普玛公司合作，引进super-pharm品牌、资金、经营理念和国际先进的药妆店模式，发展地方医药零售产业，整合现有医药零售资源，扩占市场空间。目前已在盐城市区开设了四家直营旗舰店。从营业情况看，达到了预期效果，震撼了盐城乃至苏北药品零售连锁业，前景广阔。
        16、健桥成功复制PTO门店
    南通健桥零售连锁继2005年首家PTO会员店——古池大药房样板店开业，取得轰动效应后， 2006年5月1日首家自行复制的PTO店健桥苏龙大药房隆重开业；11月11日又在南通市成功开设市区第一家PTO店——健桥大药房青年路店。PTO销售模式和经营理念的成功引进，有效地加快了南通健桥零售业的创新步伐，提高了市场竞争力。
        17、蔗糖铁项目全球市场——扬帆起锚，乘势奋进
    2006年，生命能蔗糖铁项目扬帆起锚。国内市场，以高质量的专业化学术推广，成功建立“森铁能”品牌，使“森铁能”成为中国市场处方量最大的静脉铁剂，实现“森铁能”国内市场第一阶段奋斗目标——成为静脉铁剂第一品牌。同时，通过与国际接轨的技术和专利策略有效的开展国际注册，使蔗糖铁成功进入国际市场，注射液已获得秘鲁注册批件，并已在秘鲁、多米尼加、巴基斯坦等国取得了良好的销售业绩，开创了特色产品进军全球市场的新局面。
        18、世纪恒捷研发软件荣获2005年度南京市优秀软件奖
    2006年年初，世纪恒捷申报2005年度南京市优秀软件奖，公司自主研发软件“HUGE客户关系管理软件V1.0”于3月23日荣获南京市科学技术局颁发的2005年度南京市优秀软件奖三等奖。